Hvis man eier flere merker vil man ha en merkeportefølje. Hvert merke vil da ha en egen merkearkitektur. Som med merkearkitektur må man for merkeporteføljen ta stilling til hvordan merkene skal komplementere hverandre.
(Noen ganger brukes det litt forskjellige begreper her. Men så lenge man klarer å holde oversikt over hvert merke og dets tilknyttede produkter, er det dette som er viktigst.)